SnapGeneよくある質問
一般
- SnapGene のシステム条件はどのようになっていますか？
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Windows
SnapGene 6.1 - 7.0: Windows 10* ~ 11
*Windows 10 ver. 1809 以降SnapGene 6.1 - 7.0: Windows 10 ~ 11
SnapGene 5.1 - 6.0: Windows 7 ~ 11
ご注意下さい：64bitのみに対応しており、31bit には対応していません。
Microsoft Surface Pro XやLenovo Yoga 5Gを含むARMベースのWindowsコンピュータでは動作しません。mac OS
SnapGene 7.1: macOS 11 以降
SnapGene 6.1 - 7.0: macOS 10.14 以降
SnapGene 5.3 - 6.0: macOS 10.13 以降
SnapGene 5.2.5 以前: macOS 10.12
ご注意下さい：SnapGene6 以前のバージョンはARM版には対応していません。Linux
SnapGene 7.1: Ubuntu 22.04, CentOS 8 Stream or RedHat 8.6.
SnapGene 6.1 - 7.0: Ubuntu 20.04, CentOS 8 (2105) or RedHat 8.4.
Snapgene 5.3 - 6.0: Ubuntu 18.04, Centos 7 (1810) or RedHat 7.6.
SnapGene 4.0 - 5.2: Ubuntu 16.04, RedHat 6.6 & 7.2.
ご注意下さい：ARM版には対応していません 。HD空き容量 各OS共通
メモリ容量：1 GB RAM
HD空き容量：250 MB
ディスプレイ： 1440 x 900以上
- SnapGene はオフラインでの使用可能ですか？ 使用する際は常時インターネットに接続されている必要がありますか？
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SnapGeneはインストールの際にインターネットに接続されている必要がありますが、インストール後はオフラインで使用することが可能です。また、サブスクリプション有効期限を更新する際にインターネットに接続されている必要があります。
- SnapGene のデータが外部に送信されることはありますか？
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SnapGeneはスタンドアローンのデスクトップアプリケーションであり、すべてのSnapGeneファイルはオペレーティングシステム（OS）のファイルシステムを通じて保存されます。データのプライバシーは、システムのセキュリティ設定によって維持されます。
SnapGene が外部との接続が必要となるのは以下の通りです。
使用状況統計とクラッシュレポート
デフォルトでは、SnapGeneはソフトウェアの継続的な開発と改善を支援するために、使用統計（匿名）とクラッシュレポート（ユーザー提供の名前と電子メールアドレス、ライセンス情報、コンピュータの外部IPアドレスを含む）を送信します。これらの通信は HTTPS を介して行われます。その他の機密情報は報告されません。報告書に注釈や配列データが含まれることはありません。
SnapGeneからクラッシュレポートと匿名統計情報の送信をオフにすることができます。送信をオフにするには、メニューバーの「SnapGene」 から「環境設定」を開き、「全般」の「匿名の統計とサイレントクラッシュ報告書を送信する」のチェックを外します。
ライセンスとアップデート
ライセンス登録およびアップデートチェックのため、HTTPS経由で GSLBiotech社のサーバー（ Amazon Web Services）にHTTPS を利用して接続されます。
SnapGene をインストール時に、GSLBiotech社のサーバーに接続してコンピューターを登録する必要があります。また、ライセンスの有効性の確認やソフトウェアの更新をチェックする際に、サーバーへの接続が必要となります。これらのサーバー接続には個人情報や機密情報を送信することはなく、アノテーションや配列データを含むことはありません。
SnapGeneからアップデートのチェックをオフにすることも可能です。送信をオフにするには、メニューバーの「SnapGene」 から「環境設定」を開き、「全般」の「アップデートをチェック」のチェックを外します。
オンラインシーケンスデータベース
オンラインシーケンスデータベースを利用する際に、インターネットを介して外部データベースに接続する必要があります。SnapGene は、多くのオンライン配列データベースとHTTPSで通信することができ、有用な配列情報を検索してインポートすることができますが、個人情報や機密情報はこれらのデータベースに送信されることはありません。
NCBI Blast検索
BLASTコマンド（メニューバーの「ツール」から「選択済みのDNAのBLAST」/ 「選択済みのタンパク質をBLAST検索」を選択）を使用すると、SnapGeneファイル内の選択した配列情報を、デフォルトのWebブラウザでNCBI BLASTフォームにコピーできます。WebフォームからBLASTを実行することを選択しない限り、配列データはNCBIに送信されることはありません。
Lab Archives 電子実験ノート(ELN)とのファイル交換
安全なプロトコルを介してLab Archives ELNに直接保存できます。この機能はデフォルトでは選択されていないため、利用するには SnapGene の設定を有効にする必要があります。有効にするには、メニューバーの「SnapGene」 から「環境設定」を開き、「ファイル」の「LabArchives とファイルの交換を可能にする」にチェックを入れます。アカウント情報ダイアログが表示されますので、LabArchives のログイン情報を入力してください。
Dotmatics Bioregisterとのファイル交換（SnapGene 6.2.1以降）
Dotmatics Bioregister とのファイル交換が可能です。機能を有効にするには、メニューバーの「SnapGene」 から「環境設定」を開き、「ファイル」の「Dotmatics Bioregister への登録を有効化」にチェックを入れます。アカウント情報ダイアログが表示されますので、Dotmatics Bioregister のサーバー情報を入力してください。
参照：Does SnapGene Send My Data to External Locations? - SnapGene のトライアル版はありますか？
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SnapGeneトライアル版はGSL Biotech社のウェブサイトよりダウンロード頂けます。
https://www.snapgene.com/try-snapgene
機能制限なく30日間ご利用頂けます。
- SnapGene Viewer とは何ですか？
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SnapGene Viewer は、遺伝子配列ファイルの閲覧、配列からのマップ描画、NCBI/UniProt/Ensembl データベースから配列のインポートなどが可能な無償ソフトウェアです。SnapGene で作成したファイルの閲覧ができ、製品版を持っていなくともファイルを共有することが可能です。
SnapGene Viewer は期間の制限なくご利用頂けますが、製品版に比べ機能が制限されています。SnapGene Viewerと製品版の機能の違いは下記ページをご参照下さい。
SnapGene vs SnapGene Viewer 機能比較
ご注意ください
SnapGene Viewer につきましては、弊社サポート対象外となっております。
- 日本語によるユーザーサポートの提供はありますか？
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弊社より SnapGene をご購入頂いたお客様であれば、日本語によるインストールやアクティベーション解除に関する無償サポートを、ライセンスが有効な限り（サブスクリプションの場合は弊社より新規購入/更新1年以内）何度でもご利用いただけます。
ご質問は開発元である GSL Biotech 社への照会を要する場合がございますので、回答まで1〜2営業日ほどお時間を頂きますことご了承ください。
サポートはSnapGeneテクニカルサポートフォームよりお申し込みください。
サポート対象外
製品の操作方法や機能、結果解釈に関しましては、サポート対象外となります。
開発元である GSL Biotech LLC社 に直接お問い合わせ下さいますようお願い致します。（対応言語：英語）。
お問い合せ先：
www.snapgene.com/contact
ご注意ください
SnapGene Viewer につきましては、弊社ではサポートを行っておりません。
- SnapGene ステップ・バイ・ステップガイドとはどのようなものですか？
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SnapGeneステップ・バイ・ステップガイドは、専用ページにアクセス頂きご利用いただくオンラインガイドです（PDF による提供はありません）。下記ページよりガイドの目次をご覧いただけますのでご参照下さい。
- SnapGene を論文や出版物で引用するには？
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論文や出版物で SnapGene を引用する場合は下記を記載下さい。
SnapGene® software (from Dotmatics; available at snapgene.com)
上記は 開発元である GSL Biotech 社が FAQ にて掲示している情報となります。論文投稿先によって規程が異なりますので、投稿先の投稿規定に従い記載下さい。SnapGene が使用された論文・ジャーナルで、実際に利用されている論文やジャーナルを紹介しておりますのでご参照ください。
参照 How should I cite SnapGene? - SnapGene と Geneious Prime はどのように違いますか？
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SnapGene は、クローニング実験手順やプラスミドなどの DNA 断片の視覚化および文書化をサポートします。また、DNAクローニングやPCRの計画や記録、塩基配列データの管理など遺伝子工学実験のスムーズな進行を支援します。 SnapGene はアセンブリ機能は備えていないため、de novo アセンブリまたは参照配列へのマッピングなどはできません。
Geneious Prime は、NGSの処理と解析（トリミング、アセンブル、マッピング、バリアントコールなど）を行うことが可能です。ゲノム配列のアセンブリーやアノテーションなどで多く利用される機能を備えており、ゲノム疫学の研究など大量サンプルデータを比較解析したり網羅的に解析するのに適しています。
一般的に、PCRプライマー設計やクローニング・シミュレーションなど分子クローニング作業には SnapGene が利用され、NGS のようなハイスループットシークエンシングを扱う必要があったり、微生物ゲノムで作業する場合は Geneious Prime が利用されます。
SnapGene と Geneious Prime 分子生物学研究やバイオテクノロジー分野で利用される幅広い機能を備えており、共通する機能がいくつかあります。SnapGene と Geneious Prime それぞれのラーニングページで、共通の機能を紹介したチュートリアルを用意しておりますのでご参考下さい。
- SnapGene のカタログはありますか？
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SnapGeneのデジタルパンフレットを下記よりダウンロード頂けます。
エディション
ライセンス
SnapGeneのライセンス同意書の詳細はEND USER LICENSE AGREEMENTをご参照下さい。
- SnapGene のライセンス形態はどのようになっていますか？
SnapGeneのライセンス形態は以下の通りです。
- サブスクリプションライセンス：年次更新型のライセンスとなり、製品を継続してご利用になられる場合は1年毎に更新頂く必要があります。
- ノードロックライセンス：使用するコンピューターを特定頂く必要があります。1シート（アクティベーション枠）につき、1台へのインストールが可能です。
- ネームドユーザーライセンス(グループ単位）：グループ単位で利用者を指定するネームドユーザーライセンスになっており、グループに所属する方であれば誰でもご利用いただけます。購入時にグループ名及びライセンス管理者名の提示が必要となり、頂いたグループ名・ライセンス管理者名がユーザーとして登録されます。
永続ライセンスについて：永続ライセンスの提供も行っております。永続ライセンスにつきましては永続ライセンス（買切タイプ）の提供はありますか？をご参照ください。
- サブスクリプションライセンスの更新はどのように行いますか？
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SnapGeneのサブスクリプションライセンスは自動更新ではないため、製品を継続してご利用になられる場合は1年毎に更新頂く必要があります。
継続利用（更新）を希望される場合は、ご購入の際に登録コードを入力下さい。
SnapGene 更新版 注文方法
更新版のご注文は有効期限の 60 日前より承っております。
SnapGene 価格ページより該当する商品の「購入」ボタンをクリックすると、オンラインショップの該当ページに移動します。新規/更新とも同一価格、同じ商品コードと商品名になります。
ご注意ください
オンラインショップの「送付先の入力」の注文備考で登録コードを入力
My Accountページから更新することも可能ですが、その場合は開発元であるGSL Biotech社から直接の購入ということになり、弊社のサポート対象外となりますのでご注意下さい。
- 永続ライセンス（買切タイプ）はありますか？
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永続ライセンスについて
サブスクリプションライセンスと異なり、永続ライセンスはアップグレードの提供はありません（例えば、SnapGene ver6ユーザーが ver.6の利用を希望する場合、ver.7を新規でご購入いただく必要があります）。OSのアップデートにより旧バージョンが利用できなくなる場合があるため、サブスクリプションライセンスの購入・利用をお勧め致します。
永続ライセンス
- 買い切り型：お支払いは最初のみ
- サブスクリプションに比べ、1度に支払う金額が大きい
- 無料マイナーアップデート提供あり
- アップグレード(メジャーアップデート)版提供なし
- OSのアップデートに対応したサポートの保証なし：OSをアップデートしない限り利用可
サブスクリプションライセンス
- 年次更新型：使用を継続する場合、年ごとの支払いが発生
- 永続ライセンスに比べて、1度に支払う金額が小さい
- 無料マイナーアップデート提供あり
- アップグレード(メジャーアップデート)版提供あり
- OSのアップデートに対応したサポートの保証あり：OSに対応したバージョンを提供
インストール可能台数について
1ライセンスにつき、インストールして使用できる台数は1台となります（使用するコンピューターを1台特定頂く必要があります。）。コンピューターの故障やHDの交換などにより、別のコンピューターで使用する場合は、１ライセンスにつき2度までコンピューターの変更が可能です。
ハードウェアの故障などにより３台目にインストールする必要がある場合、開発元にコンピューターとライセンスの登録解除を依頼する必要があります。弊社よりご購入頂いたユーザー様であれば、登録解除依頼サービスをご利用頂けます。弊社サービスをご利用の場合はSnapGeneテクニカルサポートフォームお申し込み下さい。
- 同時起動型のライセンス（フローティングライセンス）の提供はありますか？
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開発元であるGSL Biotech社 はフローティングライセンスの新規販売を終了しております。フローティングライセンスの提供はありませんことご了承下さい。
- 何台のコンピューターにインストールできますか？
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サブスクリプションライセンス
1シートにつき、インストールして使用できる台数は1台となります（使用するコンピューターを1台特定頂く必要があります）。
コンピューターの故障やHDの交換などにより、別のコンピューターで使用する場合：
- 1ライセンスに 1シートの場合：契約期間中（１年毎）に2度までコンピューターの変更が可能です。
- 1ライセンスに複数シートの場合：契約期間中（１年毎）にシート数分コンピューターの変更が可能です。
コンピューターの故障やHDの交換などにより別のコンピューターで使用する場合は、使用を停止するコンピューターの登録を解除することで別のコンピューターにインストールすることができます。現時点でのインストール可能台数を調べるには、My Account ページの REMAINING ACTIVATION の数をご確認ください。
永続ライセンス
1ライセンスにつき、インストールして使用できる台数は1台となります（使用するコンピューターを1台特定頂く必要があります。）。コンピューターの故障やHDの交換などにより、別のコンピューターで使用する場合は、１ライセンスにつき2度までコンピューターの変更が可能です。
ハードウェアの故障などにより３台目にインストールする必要がある場合、開発元にコンピューターとライセンスの登録解除を依頼する必要があります。弊社よりご購入頂いたユーザー様であれば、登録解除依頼サービスをご利用頂けます。弊社サービスをご利用の場合はSnapGeneテクニカルサポートフォームお申し込み下さい。
- コンピューターの故障で別のコンピューターにインストールしたいのですが、新規にライセンスの購入が必要ですか？
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登録を解除することで、別のコンピューターにインストールして使用することができます。新たにライセンスを購入する必要はありません。
登録解除ができる回数は制限されておりますのでご注意下さい。 詳細は SnapGeneは何台のコンピューターにインストールできますか？ をご参照下さい。
- 登録コードはどのように確認しますか？
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登録コードは下記の方法でご確認いただけます。
1. 納品時に弊社より納品した登録確認書 (登録確認書サンプル) に記載されています。
2. 既に SnapGene をインストールしている場合は、SnapGene 登録ダイアログ から確認頂けます。ダイアログの表示手順は下記の通りです。
Windows ：メニューから「Help」をクリックし、「登録...」をクリック
mac：メニューから 「SnapGene」 をクリックし、「登録...」をクリック
3. My Account page (https://www.snapgene.com/auth/login) より確認頂けます。
SnapGene サブスクリプションライセンスの My Account ページ画面です。永続ライセンスには Settings タブはありません。 - 登録解除はどのように行いますか？
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ライセンス有効期限（1年）につき、アクティベーションの解除を2度行うことが可能です。アクティベーション枠が2つ以上ある場合、アクティベーション解除ができる回数はアクティベーション枠分となります。
登録解除は SnapGene登録ダイアログから行います。ダイアログの表示手順は下記の通りです。
Windows ：メニューから「Help」をクリックし、「登録...」をクリック
mac：メニューから 「SnapGene」 をクリックし、「登録...」をクリック
SnapGene登録ダイアログの「ヘルプ! 」セクションで『このコンピューターの登録を取り消したいです』を選択後、「このコンピューターの登録取り消しボタン」をクリックします。
- 複数のシート数を所有していますが、1つのライセンスで異なるOSにインストールして利用できますか？
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1つのライセンスで異なるOSにインストールしてご利用いただけます。 各OSのシステム条件は、 システム条件はどのようになっていますか？をご参照下さい。
- 1台のコンピューターにインストールして複数のユーザーが利用できますか？
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1台のコンピューターにインストールし、複数のユーザーがコンピューターを共用して SnapGene を利用することができます。
同一のコンピューターに複数のユーザーアカウントがある場合でも、ユーザーアカウントを切り替えて複数のユーザーで利用することも可能です。それぞれのユーザーアカウントでログイン後、各ユーザーが SnapGene のライセンスを登録（アクティベーション）を行う必要がありますが、一度、ライセンスを登録すると次回からライセンス登録作業は求められません。
参照 If multiple accounts on the same computer are using SnapGene, does each account need a separate license? - サブスクリプションライセンスの有効期限はどのように確認しますか？
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ライセンスの有効期限は My Account ページから確認できるほか、About SnapGene 登録ダイアログから確認することが可能です。
登録ダイアログの表示は下記の通りです。
Windows ：メニューから「Help」をクリックし、「登録...」をクリック
mac：メニューから 「SnapGene」 をクリックし、「登録...」をクリック
ご注意ください ライセンス有効期限の開始日は「納品日」となります。アクティベーション実施日が開始日とはなりません。 終了日は「納品日」から 1 年後となります。 - SnapGene のバージョンをダウングレードすることは可能ですか？
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誤ってアップグレードしてしまった場合など、開発元であるGSL Biotech社に依頼して、バージョンをダウングレードすることが可能です。
弊社よりご購入頂いたユーザー様であれば弊社のサポートをご利用頂けますので、SnapGeneテクニカルサポートまでお問い合わせください。 お客様に代わって開発元にご希望のバージョンの提供を依頼いたします。
インストール
- SnapGene のインストール方法について
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トライアル版をご利用の場合は、トライアル版から製品版に切り替えるには？ をご参照ください。
1. My Accountにログインします。ログインページにアクセスし、登録したEメールアドレスとパスワードを入力します。
https://www.snapgene.com/auth/login
パスワードは登録確認書に記載されています。
ログインページ
2. My Accountページからインストーラーをダウンロードし、インストールを開始します。
My Accountページ
SnapGene サブスクリプションライセンスの My Account ページ画面です。永続ライセンスには Settings タブはありません。3. インストール後、SnapGeneを起動すると登録画面が表示されます。
各項目を入力し、登録をクリックします。グループ名と登録コードは登録確認書に記載されております。名前とEメールアドレスは登録確認書に記載されているものと同じである必要はありません。
4. SnapGene登録の登録が完了すると「登録済み」画面が表示されますのでOKボタンをクリックします。
ご注意ください
SnapGeneは複数のユーザーが利用できますが、使用するコンピューターを固定する必要があります。
5. SnapGeneを開始する前に、メインのコレクション、優先順の酵素サプライヤーを設定することが可能です。各種設定後にOKボタンをクリックします。
これらの設定は「設定」オプションから行うことも可能です。ここで設定を希望されない場合は、そのままOKボタンをクリック下さい。
- トライアル版から製品版に切り替えるには？
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製品版への切替えは下記の通り行います。
1. SnapGeneトライアル版を起動頂き、ツールバーの Helpメニュー（ ）/SnapGeneメニュー（ ）から「登録」を選択します。
2. SnapGene登録ダイアログが開きますので、「新しい登録コードを入力」をクリックします。
3. グループ名及び登録コード（登録確認書に記載されております）を入力頂き、登録ボタンをクリックします。
グループ名は納品時に弊社より納品した登録確認書またはMy Account pageからご確認頂けます。
- 「グループ名」(Group Name) とは何ですか？
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SnapGene は個人単位ではなく、グループ単位で使用することができます。そのため、購入の際に「グループ名」を登録いただく必要があります。もし、個人で利用される場合は個人のお名前を「グループ名」として登録します。
「グループ名」は SnapGene の登録（アクティベーション）を行う際に入力が必要となります。
グループ名ついて
・個人名とグループ名が同じでも問題はありません。・入力可能な文字数は英数字100文字以下に制限されているため、正式名称ではなく省略形をご利用頂いても構いません。また、記号（ & / ; = # など）は利用できませんのでご注意ください。
・「グループ名」は開発元のシステムに登録され、対応する「登録コード」とペアでライセンス管理が行われます。
- 「グループ名」(Group Name) はどのように確認しますか？
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「グループ名」は納品時に弊社より納品した登録確認書またはMy Account pageからご確認頂けます。
SnapGene サブスクリプションライセンスの My Account ページ画面です。永続ライセンスには Settings タブはありません。 - 登録コードはどのように確認しますか？
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登録コードは納品時に弊社より納品した登録確認書またはMy Account pageからご確認頂けます。
SnapGene サブスクリプションライセンスの My Account ページ画面です。永続ライセンスには Settings タブはありません。既にインストールされている場合は、SnapGene登録ダイアログ から確認いただけます。ダイアログの表示手順は下記の通りです。
Windows ：メニューから「Help」をクリックし、「登録...」をクリック
mac：メニューから 「SnapGene」 をクリックし、「登録...」をクリック
- 何台のコンピューターにインストールできますか？
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サブスクリプションライセンス
1 シート（Activation）につき、インストールして使用できる台数は 1 台となります。フローティングライセンスではないため、使用するコンピューターを1台特定頂く必要があります。
コンピューターの故障やHDの交換などにより、別のコンピューターで使用する場合：
- 1ライセンスに 1シートの場合：契約期間中（ 1 年毎）に2 度までコンピューターの変更が可能です。
- 1ライセンスに複数シートの場合：契約期間中（ 1 年毎）にシート数分コンピューターの変更が可能です。
コンピューターの故障や HD の交換などにより別のコンピューターで使用する場合は、使用を停止するコンピューターの登録を解除することで別のコンピューターにインストールすることができます。現時点でのインストール可能台数を調べるには、My Account ページの REMAINING ACTIVATION の数をご確認ください。
永続ライセンス
1 シート（Activation）につき、インストールして使用できる台数は 1 台となります。フローティングライセンスではないため、使用するコンピューターを1台特定頂く必要があります。コンピューターの故障やHDの交換などにより、別のコンピューターで使用する場合は、1 シートにつき 2 度までコンピューターの変更が可能です。
ハードウェアの故障などにより 3 台目にインストールする必要がある場合、開発元にコンピューターとライセンスの登録解除を依頼する必要があります。弊社よりご購入頂いたユーザー様であれば、登録解除依頼サービスをご利用頂けます。弊社サービスをご利用の場合はSnapGeneテクニカルサポートフォームお申し込み下さい。
- 現在のコンピューターで使用を中止し、別のコンピューターで使用することはできますか？
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現在、利用しているコンピューターから登録を解除することで、別のコンピューターで SnapGene を利用することができます。登録解除方法につきましては、登録解除はどのように行いますか？ をご参照ください。
- 登録解除はどのように行いますか？
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ライセンス有効期限（1年）につき、アクティベーションの解除を2度行うことが可能です。アクティベーション枠が2つ以上ある場合、アクティベーション解除ができる回数はアクティベーション枠分となります。
登録解除は SnapGene登録ダイアログ から行います。ダイアログの表示手順は下記の通りです。
Windows ：メニューから「Help」をクリックし、「登録...」をクリック
mac：メニューから 「SnapGene」 をクリックし、「登録...」をクリック
SnapGene登録ダイアログの「ヘルプ! 」セクションで『このコンピューターの登録を取り消したいです』を選択後、「このコンピューターの登録取り消しボタン」をクリックします。
インポート & エクスポート
- ファイルをインポートすると SnapGene が強制終了するのですが。
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ネットワークドライブやクラウド上のファイルをインポートすると、SnapGene がクラッシュし強制終了してしまう場合があります。インポートするファイルをローカルディスク（Cドライブ）に保存してインポートを行ってください。
下記のネットワーク/クラウド上との互換性は確認されておりますが、インポート時にクラッシュするなどの問題が発生した場合は、ファイルをローカルディスクに置いてからインポートをお試し下さい。
- Windows Server
- NFS
- DropBox
- Google Drive
- Microsoft OneDrive
参照：Can I use store/use/share a SnapGene Collection on a network or Cloud drive? - NCBI（GenBank）からシークエンスをインポートできなくなったのですが。
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2016年9月30日、NCBIはデータベースへのアクセス方法が大幅に変更されました。SnapGene3.2.1以降では、インポート要求に対して問題のないフォーマットを使用されていますが、古いSnapGeneバージョンではNCBIに接続することができなくなっています。この問題を解決するには、現行のSnapGeneのバージョンにアップグレードいただく必要があります。
以前のバージョンを使用しておりNCBIに接続できない場合は、次善策として、NCBIウェブサイトで検索した後にデータを.gb形式でエクスポートしSnapGeneで開いて対応して下さい。
- NCBIアセンブリをインポートすることはできますか？
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SnapGeneでは現在、NCBIアセンブリレコードやアセンブリアクセッション番号を検索したり取得することはできません。
アセンブリが完全なゲノムを構成しているのであれば、対応するGenBank Accession がある可能性があるので、該当するアクセションを取得できる場合があります。https://www.ncbi.nlm.nih.govでアセンブリを検索し、GenBank Accession 番号を確認してみて下さい。
例えば、NCBI Assembly ASM1316697v1 (Assembly Accession number GCA_013166975.1) には、対応する GenBank Accession CP053601.1 があります。この Accession CP053601.1 を用いて SnapGene にインポートします。
1.NCBIデータベースで GCA_013166975.1 を検索し、検索結果のGenomes → Assebly をクリックします。
ASM1316697v1データページの下方に対応する GenBank Accession番号 (CP053601.1) が表示されます。
2. メニューにあるファイルから、インポート → NCBIシークエンス を選びます。
アクセション番号のフィールドに GenBank Accession 番号を入力し、インポートボタンをクリックします。
3. ファイルがインポートされ、新しいウィンドウが開きます。
参照 SnapGene FAQ: Can I import an NCBI Assembly? - Excelファイルで作成したプライマーのリストを SnapGene にインポートすることはできますか？
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プライマーをリスト化してタブ区切り形式で保存し、ファイルを SnapGene にインポートすることができます。
Excelでプライマーを、Name列、Sequence列、Notes列に分けてリスト化し、ファイル形式を「タブ区切りテキスト(.txt)」にして保存します。
SnapGeneを起動し、メニューのプライマーにある リストからプライマーをインポートを選択して、.txtファイルをインポートして下さい。
- マップやシークエンスをベクター形式でエクスポートするにはどうすればよいですか？
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マップビューのエクスポート
マップビューをベクター形式でエクスポートするには、メニューの ファイル → エクスポート → マップ をクリックします。
マップをエクスポートダイアログで、フォーマットを PDF または SVG にし、Saveボタンをクリックします。書き出したPDFやSVGファイルは、Adobe IllustratorやInkscapeなどのベクター画像編集ソフトで開いて編集することができます。
シークエンスビュー、履歴ビュー、アライメント、クロマトグラフのエクスポート
シークエンスビュー、履歴ビュー、アライメント、クロマトグラフをベクター形式でエクスポートするには、Print（印刷）オプションから行います。メニューの ファイル → Print と進み、PDF として出力します。
書き出したPDFファイルは、Adobe Illustrator やInkscape などのベクター画像編集ソフトで開いて編集することができます。
参照 Can I export my Map, History, Sequence, Alignment or AB1 File as a vector-based graphic? - Excelファイルで作成したプライマーのリストをSnapGeneにインポートすることはできますか？
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プライマーをリスト化してタブ区切り形式で保存した後、ファイルをインポートします。Excelで、プライマーをName列、Sequence列、Notes列に分けてリスト化し、ファイル形式をタブ区切り(.txt)にして保存します。SnapGeneを起動し、メニューのプライマーにあるリストからプライマーをインポートを選択して.txtファイルをインポートして下さい。
- Dotmatics Bioregister にどのようにシークエンス/ベクターをアップロードしますか？
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Dotmatics Bioregister にインポートするに当たって、接続を設定する必要があります。接続方法はDotmatics Bioregister への接続はどのように行いますか？をご参照下さい。
Dotmatics Bioregister に登録するシークエンスファイルを開き、ツールバーの 保存 から Dotmatics Bioregister に登録 を選択します。
ご注意ください
登録するファイル名に日本語が含まれていると Bioregister で文字化けが起こりますので、ファイル名に日本語を含まないようご注意下さい。
シークエンスの エンティティタイプ、サブタイプをドロップダウンメニューから選びます。SnapGene ファイルを添付 にチェックを入れると、Bioregister から SnapGene ファイルをダウンロードすることができます。
シークエンスの種類、ファイル添付の有無を選択し、登録ボタンをクリックすると Dotmatics Bioregister の登録ダイアログが開きます。
登録ダイアログ（ここでは、Register Vectors ) で登録情報を設定し、 Upload をクリックします。
Sekect entries to upload ダイアログで、登録する CDS、フィーチャーなどを選択し（ここではデフォルトを使用）、 Create をクリックします。
登録が完了すると、Bioreg ID が表示され、登録完了のメッセージが表示されます。
参照 Register a SnapGene Sequence File in Bioregister
ファイル
操作方法
- 表示する言語（日本語・英語・中国語）はどのように切り替えますか？
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言語を切り替えるには、ヘルプ → 言語 に進み、使用する言語を選択します。
言語を選択後、SnapGene を再起動する必要があります。
- Phusion®、Phire®、Q5®などのPCRポリメラーゼに適したプライマーのTm値を表示するように、SnapGeneを設定することはできますか？
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ほとんどのPCRポリメラーゼでは、PCR反応に最適なアニーリング温度は、プライマーのTmよりも約0～5℃低い温度になります。
Phusion®, Phire®, Q5®などの一部のPCRポリメラーゼでは、プライマーとテンプレートの複合体を安定化させる処理能力を高めるdsDNA結合ドメインが融合されているため、最適なアニーリング温度がプライマーのTmよりも約6～12℃高くなっています。
NEB社やThermo Scientific社は、Phusion®などのポリメラーゼのTmを計算するのに、古い熱力学パラメータを使用するアプローチを推奨しています。これらの古いパラメータは精度が低く、新しいパラメータよりも約6～9℃高いTm値を示す傾向があります。そこでNEB社では、精度の低いTm値よりも0～3°C高いアニーリング温度、つまり実際のTmよりも約6～12°C高いアニーリング温度を使用することを推奨しています。
SnapGeneは不正確なTm値を提供しておりません。その代わり、Phusion®やPhire®、Q5®などのポリメラーゼを使用する場合は、当社のソフトウェアで計算したプライマーのTmよりも約6～12℃高いアニーリング温度を使用することを推奨しています。
- プライマーが関係ない結合部位に表示されたり、目的の結合部位に表示されません。結合部位はどのように調整すればよいのでしょうか？
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結合部位の表示方法の設定は、ハイブリダイゼーションパラメーターダイアログから行います。
ダイアログを表示させるには、プライマーからハイブリダイゼーションパラメーター選択します。
- 制限酵素を選択的に表示する方法はありますか？
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表示する制限酵素の優先順位を設定するには、メニューバーにあるSnapGeneメニューの設定から行います。SnapGene設定ダイアログから酵素を選択し、優先順の酵素サプライヤーから優先順位の設定を行います。
- 配列を切断しない酵素のリストを見るにはどうしたらいいですか？
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配列を切断しない酵素のリストを見るには、ノンカッターダイアログを開いて下さい。
ノンカッターダイアログを開くには、メニューバーにある酵素からノンカッターを選択、またはツールバーの一番上にある酵素セットを選択（下向き矢印ボタン）をクリックしノンカッターを選択して下さい。
- NCBI BLASTを使って、SnapGene の配列のBLAST検索を行うには？
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BLAST検索を行う DNA または RNA ファイルを、マップビューまたはシークエンスビューで開きます。
メニューにある 編集 から すべて選択、または 範囲を選択 を選び対象となる配列を指定します。 ツールから 選択済みのDNAのBLAST を選び、使用するデータベースを選択すると、ブラウザが起動し NCBI BLAST ページが開きます。
SnapGeneで選択した配列（または翻訳）は、自動で検索フィールドに入力されています。必要に応じてパラメータを設定後、BLAST ボタンをクリックして、BLAST検索 を実行します。
- 塩基配列を相補鎖に変換するには？
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相補鎖の塩基を 5'→3' の配向で表示するには、メニューにある 表示 から シークエンスを反転 を選択します。
一重鎖の配列の場合は、メニューにある 表示 から 逆相補鎖 を選択します。
参照 Display the reverse complement of a dsDNA sequence
相補鎖を新たなファイルで作成する場合、ツールバーの コピー から ボトムストランド塩基をコピー を選択します。ツールバーの ファイル から 新しい DNA または RNA ファイル を選択し、シークエンスを作成フィールドに貼り付け、作成ボタンをクリックします。
シークエンスの特定の部分を選択して相補鎖のファイルを作成することも可能です。
- 参照配列（リファレンス）へのマッピングはできますか？
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SnapGeneは、参照配列（リファレンス）にリードをアライメントするマッピング機能は備えていません。
SnapGene の「リファレンス DNA シークエンスにアライメント "Align to Reference"」ツールは、それぞれの配列/リードが独立して参照配列にアラインメントを実行します。 コンセンサス配列を作成するため、配列/リード同士がアライメントされことはありません。
参照：What Alignment and Assembly tools are Available in SnapGene?
参照：Does SnapGene have a Map to Reference Assembler?
- Dotmatics Bioregister への接続はどのように行いますか？
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Dotmatics の提供する Bioregister に、 SnapGene のシークエンスを登録することが可能になりました。
1. SnapGene と Dotmstics Bioregister の接続
SnapGene と Dotmatics Bio Register への接続設定を行うには、メニューバーにある SnapGeneメニューの 設定 から行います。サイドバーから ファイル を選択し、Dotmatics Bioregister へのインテグレーションを有効化 にチェックを入れます。
サーバーの URL を入力し、OK ボタンをクリックします。
Dotmatics Bioregister の username と password を入力し login ボタンをクリックします。以上で、SnapGene と Dotmatics Bioegister の接続r設定は終了です。
2. SnapGene から Dotmstics Bio Register へのシークエンス登録
Dotmatics Bioregister に登録するシークエンスファイルを開き、ツールバーの 保存 から Dotmatics Bioregister に登録 を選択します。
ご注意ください
登録するファイル名に日本語が含まれていると Bioregister で文字化けが起こりますので、ファイル名に日本語を含まないようご注意下さい。
シークエンスの エンティティタイプ、サブタイプをドロップダウンメニューから選びます。SnapGene ファイルを添付 にチェックを入れると、Bioregister から SnapGene ファイルをダウンロードすることができます。
シークエンスの種類、ファイル添付の有無を選択し、登録ボタンをクリックすると Dotmatics Bioregister の登録ダイアログが開きます。
登録ダイアログで登録情報を設定し、 Upload をクリックします。
Select entries to upload ダイアログで、登録する CDS、フィーチャーなどを選択し（ここではデフォルトを使用）、 Create をクリックします。
登録が完了すると、Bioreg ID が表示され、登録完了のメッセージが表示されます。
3. Dotmstics Bioregister
Dotmatics Bioregister に シークエンス および フィーチャー情報が登録されているのを確認します。
登録の際に SnapGene ファイルを添付 にチェックを入れると、Documents タブから SnapGene ファイルがアップロードされています。ファイル名をクリックすると、ファイルをダウンロードすることが可能です。
参照 Register a SnapGene Sequence File in Bioregister